Yoncatepe, M.Ö. 2. binin ortalarından beri kurak bir iklimin sürdüğü Van bölgesinde Varak ve Erek dağlarındaki zengin su kaynakları ve otlaklara giden yolları denetleyen stratejik bir noktada kurulmuştur. Kalenin yaklaşık 800 m. kuzeyinde yer alan ve Harabe Barajı olarak adlandırılan sulama tesisi Doğu Anadolu’daki barajların en eski örneklerinden biridir.

Yoncatepe’nin Erken Demir Çağı’ndaki önemini Urartu Krallığı döneminde de koruduğunu, 1 km. kuzeydoğudaki Bakraçlı köyü içinde bulunan Yedikilise’nin (Varak Kilisesi) duvarlarında devşirme malzeme olarak kullanılan Menua’ya ait çok sayıdaki çivi yazılı kitabesi doğrulamaktadır.

Yoncatepe’de akropol, sivil yerleşme ve nekropol alanlarında kazılar yapılmıştır.